انجمن روانپزشکی کودک و نوجوان ایران در حال حاضر دارای ۵ کارگروه اصلی است که وظیفۀ برنامه‌ریزی و اجرای پروژه‌های آموزشی، پژوهشی و سلامت روان را برعهده دارند. رؤسای کمیته‌ها با ابلاغ ریاست محترم انجمن تعیین شده‌اند.

این کارگروه ها عبارتند از:

• اطلاع رسانی و مطالب ترویجی
• آموزش تخصصی
• علمی و پژوهشی
• انتشارات
• روابط عمومی و امور اجرایی